蛋分是海水缸器材的心脏，了解蛋分的工作原理也就显得至关重要。

我们可以简单的将蛋分的工作原理总结为：打泡沫，又因为打泡是制造泡沫的一个不错的办法，所以也有人将蛋白质分离器称为“泡泡机”。蛋分工作原理详细来讲就是蛋分运作过程中产生大量小泡泡，泡泡的表面有带电荷的离子在上升过程中可以带走水中的蛋白质。因为泡沫形态的表面张力比较大，蛋分是有效地利用气泡的表面张力来分离水中的蛋白质，并将蛋白质挤出。泡沫的粘度将随着表面的增强、扩大，以及气泡的逐渐消失而改变。

简单地讲，蛋分的工作原理就是气泡的张力把脏东西顶出来与水分离，此时脏东西和水分离了，水中的no2浓度就低了，进而no3浓度也低了。而由蛋分分离出的蛋白质，会呈现出类似液体形式储存在收集罐里，然后定期清理掉。

依照上述蛋分的工作原理，目前蛋分有有气木、针叶泵、毛刷泵，还有外置、内置、外挂区分。

海水缸比淡水缸要求高，在海水中的蛋白质同样主要来源于生物的新陈代谢，但这些东西是有害的，并且基本都溶于水或半溶于水。只是海水可以利用蛋分和盐度把产生NO2和NH的物质比较快的排出水体，减轻硝化系统的负担，蛋分合理减轻了硝化菌分解细菌的压力，蛋分的工作原理也是基于此。